[乳酸菌]ラクトコッカス・ラクチス、ラクトコッカス・クレモリス、ラクトコッカス・ジアセチラクチス、ロイコノストック・クレモリス、ラクトバチルス・カゼイ※、ラクトバチルス・プランタラム※
[酵母]サッカロミセス・セルビシエ、チゴサッカロミセス・フロレンチヌス
※印は生きて腸に達する乳酸菌です。
ホームメイド・ケフィアは、家庭で牛乳を発酵させてケフィアを作る種菌です。豆乳でも発酵出来ます。 牛乳（または豆乳）１リットルにケフィア菌１パックを加えて、室温に１日置くだけで、誰でも簡単に発酵出来ます。 気温の下がる季節は発酵時間が長くなりますので、そのような季節にはケフィアサポーターを使うと速く出来上がります。
ケフィアはヨーグルトと同じ発酵乳の仲間ですが、牛乳を乳酸菌だけで発酵させるヨーグルトと違って、酵母と乳酸菌で発酵させます。日本では発酵乳の包装容器は密閉しなければ販売できないと規定されていますが、ケフィアは酵母の作る炭酸ガスのために密閉すると容器が膨張しますので、発酵させたケフィアを市販できません。従ってケフィアは家庭でつくらなければなりません。